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是的，他自己显然是愿意单干，或是在蝇室那种小团体的环境中工作，他对动辄兴师动众的做法的厌恶是众所周知的。他的女儿伊莎贝尔（也就是后来从事微生物学研究、在全国小儿麻痹症基金会工作的那个女儿）有时同他争辩，说现在时代不同了，靠个人单干很难做出有价值的研究，他总是嗤之以鼻，说那只不过是“洛克菲勒研究院的心理”。不过，在加州理工学院任职，也意味着他有机会按照自己的计划去组织一个生物学部。重点的重点将是科研，而不是教学；而科研也将是“纯”科学的，不必和直接的实际应用绑在一起。这个部的教员和招收的研究生要符合摩尔根的理想，他们知道自己要干什么，而且不用过多指点，无需什么监督就自己动手去干。再说，在一个管理有方的物理科学研究机构里来实现这一计划，这本身就意味着研究工作将是严密的、分析性的，生物学的研究将按照与物理学和化学一样的标准进行。

摩尔根按这些要求拟定计划，略去形态学和其他一些内容，道理是加州理工学院不想重复其他院校（如霍普金斯大学和哥伦比亚大学）已经在做的工作，而是要走在前面探索科研与教学的新方向。他正在做的工作是建立一个他长期梦寐以求的兼有蝇室和那不勒斯试验站的特点的工作集体。但更加突出的一个重点是要建立起生物学与诸如物理学、化学等其它学科的协作——虽然他自己在研究工作中并不特别喜欢这么做。在加州理工学院，甚至生物学部大楼也被设计成与化学大楼连在一起，以便使两个学科有实际的接触，鼓励生物科学与其他基础学科相结合。植物学、动物学和遗传学合并为生物学部，但摩尔根反对建立一所医院的想法。正如他在初步方案中所述，“（生物学部）将力求把那些对发现活体生物中各种现象的统一性具有共同兴趣的人们集合在一起，形成一个单一的组织。”他本人的数理化基础很有限，对这点他心中有数，但他的方案具有远见卓识，他的协作计划，通过他即将招聘来的新教员的共同努力，最后圆满地实现了。关于可以用物理学和化学的原理解释生物学现象的见解，在19世纪即已提出了。达西·汤普森表述得很生动：“细胞与组织，甲壳与骨骼，叶片与花朵，凡此物质的各部分，它们的粒子之移动、构造、成形，无不遵从物理学的定律。”摩尔根历来赞成这种观点。他说：“我们明白，只有当我们确切了解生物发育过程中的理化变化的时候，我们才有希望把对生物发育的研究提高到严格的科学的水平。”显而易见，当时他心目中井没有一个具体的办法，只是对已为物理学和化学赢得了那么大的成就的实验方法称赞不已。

人们不会指望摩尔根放弃他的通过实验学习的信条而去同施罗丁格、波林这样的大物理学家、大化学家搞理论推导。关于他们在方法上的歧异，莱纳斯·波林有过精辟的表述。他说，“那时（1937年），我发现兰茨泰纳同我的治学方法很不相同：兰茨泰纳会问，‘关于世界的性质问题，实验中观察到的这些结果会促使我们相信什么样的理论？’而我提的问题是，‘关于这个世界，我们要怎样勾画出个最简单、最普通、最有道理的图景，使其符合这些观察结果，而不与之相悖。’”摩尔根完全倒向兰茨泰纳一边，他相信真理只能来自实验。然而，在摩尔根正在组建的加州理工学院生物学部，这两种方法将会殊途同归。

摩尔根对于新的生物学部应包括哪些学科有相当坚定的意见：遗传学与进化论；实验胚胎学：普通生理学；生物物理学；生物化学。至于心理学这类学科以后再增补。但生物学部及其所属的系的具体形式和方向将取决于招聘到的教师。摩尔根决不搞滥芋充数，而是按客观需要从容地搜集人材，把最优秀的人物招来，让他们根据各自的兴趣和能力开展工作。正因为如此，他虽然在就这些学科征询意见，但第一学年（1928…1929年）真正办起来的只有一个遗传学系。他从哥伦比亚大学动物学系聘来布里奇斯、斯特蒂文特、杰克·舒尔茨、艾怕特·泰勒。他还从哥伦比亚大学招来了西奥多修斯·多布詹斯基，第一年他的身分是国际研究员，翌年改为助理教授。到1931年，除了哥伦比亚大学来的一批人以外，还有欧内斯特·G·安德森、亨利·傅苏克、赫尔曼·多尔克、罗伯特·埃默森、斯特林·埃默森、休·赫夫曼、卡吉·林德斯特龙兰、亨利·西姆斯以及肯尼思·V·西曼。詹姆斯·邦纳和赫尔曼·肖特是研究生，乔治·韦尔斯·比德尔在读博士后研究生。杰弗里·凯利是亨利·博苏克的助手，沃尔特·拉默茨是安德森门下的博士后研究生。

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