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帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。

除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。

对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。

托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。

一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_

第二章　霍普金斯大学

世界的未来掌握在有能力把对自然界的解释比前人更向前推进一步的人们手中；……大学最重要的作用在于发现这样的人，爱护这样的人，充分发挥他们的能力。

托马斯·亨利·赫胥黎：在约翰斯·霍普金斯大学成立大会上的讲话

在等待霍普金斯大学1886年秋季开学的时候，十九岁的汤姆·摩尔根在位于马萨诸塞州伊普斯维湾小港的暑期学校开始了海洋生物学的学习。教学方法是个别指导，每周收费一美元，教学目的是培养班上十三名男生和十三名女生对教学工作或研究工作的兴趣。由于设在阿尼科姆的这所暑期学校翌年将成为设在伍兹霍尔的海洋生物实验室的核心，又由于海洋生物实验室同霍普金斯生物系的教师有协作关系，摩尔根到阿尼科姆去很可能是为了掌握他未来的生物学研究生学习阶段所必需的基本实验操作技术。他觉得这段工作收获很大，也十分有趣；他写信回肯塔基，说他总是庆幸自己转到了那里，而未再去搞地质调查。

不管摩尔根对霍普金斯大学抱有什么希望，他都该庆幸自己选择了这所学校，1886年该校已有十年历史，学术上的各种活动已走上正轨，在欧美教育界享有盛名。它处处都显得不同于肯塔基州立学院，也不同于美国大多数院校。

霍普金斯大学得到私人大量捐助，所以它不同于一般照联邦莫里尔法案接受国家拨地的院校，对教会的各种派别、州和地方政府的政策，对于一些艰涩课程的设置，一概不承担任何义务，也不受其制约。霍普金斯大学尤其有一位富于想象力的校长——丹尼尔·科伊特·吉尔曼，有一个信奉霍普金斯校训的理事会。这条校训是：真理使你成为自由人。所以，霍普金斯大学正式宣告成立那天晚上，它所属各学院已经解决好有关与达尔文的进化论的冲突。而其它许多大学四十年后还要面临这个问题。霍普金斯大学之所以及早处理了这一争论倒是有