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存活着。这种说法还得到了西面其他部落的赞同。这让杰斐逊尤为高兴。他成为总统之后，派遣梅里韦瑟·刘易斯研究肯塔基州的巨兽遗址，加入到威廉·克拉克探寻历史之谜的使命中。除了穿越路易斯安那州，寻找向西北通往太平洋的河流以外，杰斐逊还让刘易斯和克拉克寻找活着的猛犸象、乳齿象，或其它类似的大型珍稀动物。
他们的远征失败了；他们发现的最大的哺乳动物不过是大角羊罢了。后来，克拉克重回肯塔基州找到了猛犸尸骨，杰斐逊心满意足地把它们陈列在白宫中，今天成了美国和法国的博物馆的馆藏。人们经常认为古生物学的建立是他的功劳，虽然这事实上并非他的初衷。法国一位知名的科学家曾声称，新世界的一切都比不上旧世界，野生动物也不例外。杰斐逊一直希望能证明，这种观点不过是无稽之谈。
他在化石骨的认知上犯了一个根本性的错误，他以为它们必定属于什么活着的物种，因为他不相信生物会灭绝。尽管他经常被视为美国启蒙时代的知识分子代表，但杰斐逊的观点其实和当时许多自然神论信仰者和基督徒一样：在这个完美的世界中，没有什么造物应该消失。
他以博物学者的身份宣布了他的信条：“这就是大自然的体制。她决不会允许她的任何物种走向灭绝。”他的许多著作中都渗透着这一思想�
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