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早期的MATRIX是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对，可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗”并重新启动（试想一个充满BUG的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“MATRIX升级”，但是麻烦的是连接在MATRIX上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的MATRIX找到了一个“最经济”的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。

以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。这个计划的开端是设立ZION这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，ZION与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道ZION是MATRIX派出的人建立的（位置MATRIX当然是早知道的），而这些人理所当然的成为ZION的领导层，所有人实际上是在MATRIX控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，ZION的扩张也是必然的，为了防止ZION因强大而失去控制，所以MATRIX要定期毁灭ZION（举手之劳而已），而这个过程和MATRIX的升级计划合二为一。

第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知”，由于MATRIX对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹”还是“圈套”缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类。。。。。连看电影的人都被迷惑了。。。。），先让先知给那些“反抗军”少许“甜头”，然后就可以把这些家伙在MATRIX里的行动也控制起来。实际上电影里无论莫非斯还是NEO所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命”，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。

第三步就是给这些ZION的人类创造一个虚幻的希望“THEONE”，也就是电影中的主角NEO，他还有一个作用，由于那些逃避删除的程序熟悉MATRIX的操作手法，他们可不会吃“先知”的那套把戏，要对付这些“危险的系统垃圾”也需要借助这个特殊的角色，在电影里，NEO在先知的诱导下（让他去找钥匙人）去踢了法国人的场子，消灭了他很多能力强大的手下，为什么不消灭法国人，因为法国人起的也是类似ZION的作用，他把逃避删除的程序收集起来当做手下，就象把垃圾扫到垃圾桶里（法国人说白了就是一扫地的），这样才好一次倒掉（由THEONE来负责一次倒掉），估计每次MATRIX升级都会有个THEONE听了先知的引导，到法国人这里来打砸一翻，所以法国人对先知的这种手法既痛恨又无奈，这也是他想要挖先知眼睛的原因。

第四步就是开始清理系统内外，这个步骤需要先知的诱导和NEO的强大能力，首先是使NEO获得能力并对先知言听计从，这段过程大概是黑客第一集的内容，然后就是对系统内的逃逸程序进行打击，先知以找钥匙人为诱饵，让NEO一伙和法国人的手下火拼，结果法国人手下全灭，法国人夫妻出于对这个“游戏”玩法的了解始终没有出过手（不但没出手还提供帮助，法国人老婆在意味不明的一吻后提供了帮助，谁知道不是他们两夫妻事先约好的？），这个过程在电影第二集里有详细描述。最后是对ZION进行清理，消灭ZION所有的战斗力量，早就知道ZION位置的MATRIX不费吹灰之力就把ZION的反抗力量消灭，这些内容在第三集里有详细描写。

最后的一步比较麻烦，就把THEONE神话毁灭，并排除先知的所有的“嫌疑”，然后在所有在MATRIX里的人类都没有察觉的情况下重新启动MATRIX（我猜想可能是类似于更换一下游戏服务器主机），其中THEONE这个角色在整个计划中是即必不可少又相当危险的，对这个角色的控制不当会有非常严重的后果（这从黑客3最后建筑师和先知说的那句：“你玩的是非常危险的游戏”可以