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地学子纷纷登名社录，争入琼林之门。琼林诸子也不遗余力的栽培进门弟子，大有把持科场之势。

从嘉靖四十一年起，至今八次春闱加两次恩科，共十次大比中，三十名一甲进士，琼林派占了六成，七百名二甲进士，琼林派占了五成，两千五百名三甲进士中，也有三成左右……这还是万历皇帝在八年、十一年的殿试中，故意排挤琼林派出身的进士的结果。

对琼林派把持科场，自然有人看不顺眼，一些北方和西南士人便公开说：‘孰元孰魁，孰先孰后，琼林已编定无遗人矣。’但无论如何，沈默当初设想借广收门徒，以控制士林、把持科场，最终达到左右政权之目的达到了。

最早的琼林诸子，在万历初年便当上了侍郎尚书，甚至登阁拜相，把持了万历初年的朝政。尽管他们与晋党以及万历皇帝的斗争中纷纷下野，然而他们的首代弟子已经成长起来，纷纷上位接替，继续把持内阁六部、两京各省……

万历自然不会罢休，他继续斗争，继续把琼林派赶出朝堂，至少赶出北京，眼不见心不烦。据说在东暖阁有一扇屏风，上面密密麻麻写满了琼林派成员名单，每当吏部拟任命官员，万历就让人在上面找名字，没有，通过，有，否决。他希望以这种方式，来渐渐完成对琼林派的清洗，应该说是个很稳健的办法。

然而魔高一尺道高一丈，万历九年留都大会，琼林派成了王门盟主，换言之，全天下的王门中人，不管是泰州派还是浙中派，亦或是江右派、这种小派别的，都要听其号令。