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摩尔根有生以来第一次面对课堂上的学生，而且每天都得去教室讲课。本科生和研究生的生物学教学由四人分担。摩尔根是生物学副教授，雅克·洛布是生理学和生理心理学副教授。摩尔根在伍兹霍尔时就结识了洛布，两人在学术上终生交往甚密。另两名教师，一个的专业是生理学，还有一个是植物学。
摩尔根每周五天有课，每天至少上两次，一次讲高级生物学，另一次上普通生物学或普通动物学。他又开设了胚胎学系列讲座，每周一次；还负责这些课程的实验室工作，指导博士研究生的研究和博士论文。他组织了一个两周一次的学术沙龙，漫谈近期发表的物学文献。
要应付这么繁重的教学任务，最省事的办法是年年期期都讲同一内容，照本宣科，周而复始——但摩尔根不这样做。相反，他却愿意对课程内容有所修改，以反映他自己的研究成果。1894至1895年在那不勒斯呆了一年之后，他回国来就这么教书，尤其是在研究生的课堂上。
作为一个教师，摩尔根与威尔逊的风格迥异。威尔逊在布林莫尔执教六年，讲课总是经过周密思考，层次分明，顺理成章。摩尔根的口头禅却是：别管教�
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