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对核心矛盾是全篇小说的中心内容，衍生出两条交替行进的线索：汤姆和他的天才实验室的成员一直在努力寻找可以对抗癌症的完美基因以拯救失去了母亲的小霍利；原教旨主义的兄弟会组织则一心想寻觅到二次降临到人世间的基督。作者巧妙地将二者结合在一起：用最尖端的科技方法来寻找宗教中的基督基因，从而进一步寻找到新基督的下落。这不仅是小说家的一种艺术加工，也是不容忽视的一种可能：科技已被宗教有神论者多次用作上帝说的例证，迈克尔·科迪实际上指出了一种将科技与宗教结盟的可能性。一方面科技愈发达，人的异化愈明显，主体存在的危机愈严重，人类的精神支柱面临崩溃；另一方面宗教界也图谋变革，适应高科技社会的发展，从而维持有神论的延续。

于是在作家的笔下，科技精英和宗教激进分子走到了一处，前者不能不震撼于发现耶稣身上的特殊基因的神奇性，后者则必须重新审视被自己视为洪水猛兽一般的科技。当然并非所有人都赞同这种短暂的联盟：贾斯明作为一个正直的基督信徒，内心之中难免有亵渎上帝的自责，而玛丽亚身为宗教组织的杀手更是对这种妥协咬牙切齿。但事实是，的确存在完美的上帝基因和活着的转世基督。凶手玛丽亚被鉴定为携带基督的基因后，所有的人都震惊了，包括我们的读者。这里不仅有女权主义的基督观的展现，从小说结构上说这一幕堪称意想不到的妙笔，既是全篇的高潮，又是科技与宗教的斗争契合点，一个完美的悲剧式冲突呈现在我们面前。汤姆、贾斯明、伊齐基尔和玛丽亚等人一齐陷入心理困境，哈姆莱特式的考问与抉择凸显于决定命运的时刻。感情与理智的碰撞足以令人黯然神伤。仇敌与恩人，杀手与基督，恨与爱，信仰与直觉无一例外地交织成冷酷的现实。谁又能断言这不是人类下个世纪将面临的现实呢？

凶手玛丽亚自小在修道院阴暗环境中成长，历尽磨难，锻造了她“简·爱”般不屈不挠的个性和敢于反抗、敢作敢当的性格。明珠暗投的她被迫走上杀手之路，直到拒绝为汤姆的女儿治病，一生注定了缺少“爱”，缺少完美人性中至关重要的“基因”。尽管她天生带有基督的神奇基因，却在无人道的社会现实中后天地丧失了“爱”的能力，作者用这个当代基督的悲剧故事告诉了读者很多科技以外的意义。她能够面对真诚的汤姆，用否定的回答获取行使“上帝的权力”时的快感，即始终不懂得圣经中“骄傲先于堕落降临到我们身上。”的寓言，直至最后才从汤姆写有“给予比索取更能得到保佑。”的纸条上得到“顿悟”，基督的真正本质在于“爱”和“牺牲”。丢失了“爱、信、望”（基督教三教义）中的“爱”之因素，玛丽亚终究成不了真正的基督。汤姆给自己注射了“上帝的基因”后成功地救活了霍利，也赢得了“爱”，因此成了隐喻中真正的基督。小说的结尾玛丽亚的尸首已化为灰烬，作者并没有点明她究竟有没有复活，留给我们思考的是：即便真的有二次降临的基督，他或她应该具备什么样的品德和能力呢？有神论者会由衷地赞叹上帝之伟大，使基督信徒们又经历了一番“爱的教育”，而小说中科技成分丝毫不损害宗教的精神，充分显示了作者构思的巧妙，矛盾冲突中没有些微的破绽。小说以汤姆痛失爱妻为序幕，以汤姆拯救霍利趋向终结，正义战胜了邪恶，爱战胜了恨，但现实生活中科学与宗教的无尽纠葛将远不能结束。两条线索错落有致，读者读罢全文，不能不承认科技可以创造奇迹，创造生命，但人性中的善良温情的主脉应是推动科技健康发展的关键所在。

从这个意义上说，汤姆作为一名科学家经历了一次人文主义的洗礼，一次人性的教育，而玛丽亚只能在临死前绝望地意识到自己的错误。拒绝宽容是当今人类生存的致命缺陷，从种族歧视到宗教排外，从文化上的后殖民主义到政治上的霸权主义，都体现了拒绝理解、排斥平等交流的专断思想。自负必然自大，自傲必然不民主，任何与异己间的平等商讨成为泡影，走进死胡同的后果只能害人害已。所以法兰克福学派的第二代领袖哈贝马斯在批判现代资本主义社会时指出“消除人的异化，改善社会状况的惟一途径在于‘重建交往理性’”，“在生活领域必然采取各种形式和手段对‘生活世界的殖民化’，人际交往结构的破坏、日常生活的贫乏化提出强烈抗议”，“生活世界应当……在人与人相互理解、相互同情、相互支援的基础上按照自助和互助的形式重新组织起来。”（章国锋《二十世纪西方文论研究》第228页）。这意味着放弃权力与暴力，提倡平等、宽容、民主与友爱。上个世纪资本主义大革命时代的理想，