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的过程会显得温和些，不像我们想象的只有消灭了一切对手才能成为成功者。进化过程似乎并不是一定要消灭大量生物，因为不大适应的生物连开始发育也还未能做到。进化并不是一场谁都以消灭一切异己为己任的大混战，而主要表现为创造出新类型来填补自然界中空着的空间或生物密度不大的空间。”

在以后三十年左右时间内，摩尔根渐渐接受了进化论和自然选择，但他数学基础差仍然是个问题，他一生中虽然最终也承认了霍尔丹、费希尔、赖特等人在数学方面的贡献，但他仍然坚持对进化论的研究必须用实验方法。

另一个问题是，他像大多数人一样、觉得很难承认小小的偶然事件可以造成巨大的发展，尤其是当他不能看见发展的各个阶段的时候。他之所以转变了看法，部分原因是受了他在哥伦比亚大学的学生们（不久后成了他的同事们）的影响。他们不断地为达尔文辩护。拿H·J·马勒的话来说，“达尔文的自然选择理论无疑是各个时代中最革命的理论。”“达尔文对生物进化的各种证据所作的精彩归纳……至今仍是人类思想史上无人超越的智慧的丰碑。”摩尔根从来就是更信服具体的证据，而不折服于什么智慧的丰碑。因此，对于他，这一问题很可能是到1922年6月22日参观牛津大学时才解决的。朱利安·赫胥黎安排动物学系拿出几种昆虫的有代表性的表示适应色的标本，其中包括波尔顿收集的那套漂亮的关于昆虫拟态的蝴蝶标本。这些标本除自然选择外别无其它解释。赫胥黎这样叙述摩尔根的反应：“我回去请他吃午饭时，拉也拉不动他。‘真想不到！我原来的确不知道世界上还有这种现象！’”几年以后，赫胥黎对美国哲学会这样回忆了当时的情景，他总结说：我荣幸地认为，就是在这个时刻，他转变了，相信生物的适应性变化，相信自然选择的结果形成生物的适应性。“

摩尔根写的关于进化论的书一本不同一本，这表示他虽不心甘情愿，但毕竟逐渐按达尔文的思想方法接受了进化论。不过，即使在他就进化问题写的最后一本著作中，他虽然承认了达尔文进化论的主要论点（但不像有些博物学家那样急于应用））但仍然有许多保留。他写道：

自然选择理论似乎认为，通过在群体中选择性状更趋特别的个体，下一代就会朝着这一方向前进。现在大家已经知道，这种看法是站不住脚的。无论是引起一部分初始变异的遗传因子，还是环境因子，它们都不能推动这种进步。没有这种基本条件，则自然选择是无力产生进化的。反之，如果产生了变异（这是由于遗传因子超越了原来的界限，即发生了突变），那么，这些变异就为自然选择提供了向前演化的物质基础。这并不意味着自然选择本身是出现新类型的原因，这些新类型中

有的具有生存的价值，只是由于消灭了不太适应的类型而给适应的类型留出了生存空间。假如历史上出现过的一切新的突变类型都生存下来并留下后代，那么，我们今天就会看到地球上生活着现今实际存在的一切种类的动、植物和无数其他类型。这样考虑问题，我们就不难看出，即使没有自然选择，进化同样可以发生。（载《进化之科学原理》，第130…131页）对于摩尔根之皈依进化论，至少赫胥黎是感到满意的。他十分高兴地把自己1942年出版的《进化：现代合成》献给了“T·H·摩尔根——对生物学的发展有多方面贡献的科学家”。

摩尔根既是遗传学家，又是胚胎学家。对此，他在20世纪最初几年就有清楚的认识。后来，他在《进化之科学原理》一书中重申，要证明生物进化，必须通过胚胎学而不是古生物学研究。摩尔根的成就，以作为一个胚胎学家开始，也以一名胚胎学家结束——至少这是他自己的见解。离开了布林莫尔学院，来到哥伦比亚大学，他继续胚胎学问题的实验。这一段工作，有很多总结在1907年出版的《实验动物学》一书中。其基本内容是：

他报道了通过加氨、加前列腺液，加盐刺激海星精子的实验；他报道了海胆种间杂交的实验结果，证明杂种的存活受季节和水温的影响。他一如既往，热衷于证明渐成说，所以尽量贬低人们认为的细胞核及其染色体的主导作用。他说：“大多数胚胎学家似乎倾向于把什么效果完全归因于细胞核，相信细胞核控制着原生质内的一切变化。我本人则相反，我倾向于认为，‘这种影响的根源在于细胞核’之类的见解还不是定论，这种影响也可能来源于和精子结合在一起与卵细胞结合的原生质。”他引证德里施的研究结果：胚胎的卵裂及其速度以及胚胎的早期发育都表现出卵子的特征，