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1956年重新计数时少了两条，为46条。这还不算最复杂。复杂的是染色体非常之小，而且在两次细胞分裂之间突然不知去向，就像国会休会期间的议员一样变得无影无踪。
摩尔根还说了另一难题：“既然染色体的数目比较少，性状的数目却很多，那么，根据这个理论，许多性状就必然包含在同一染色体内，于是，很多性状应该组合在一起而表现为孟德尔式的遗传。事实与染色体假说的这一前提是符合的么？我认为不符合。”（载《美国博物学家》第44卷第449…496页；投稿日期，1910年5月8日。）
在当时的情况下当然是不符合的。当时还不行。
几个月后又增添了四种眼色突变。例如出现了粉红眼，该性状的分离与性别无关，也同白眼性状无关；又出现了限性性状硃砂眼，其性状分布与白限性状一样。于是他接受了孟德尔观点。他这样写道：
“况且，假如我们承认（如同这些事实所表明那样），粉红
色因子位于不同于白色因子的遗传机构的另一部分，那么，为
什么在一种情况（白与粉红）下是限性遗传，而在另一种情况
（红与粉红）下会是另一种遗传的问题就是清清楚楚的了。换
言之，白色（缺乏红色素）因子同决定性别的因子联系在一起，
而粉红色因子处于细胞内另一部分。我认为正是这种证据证
明了，限性遗传现象是由于性别因子同我们
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