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军政部，类似后世总政治部，各级参军的职责除了参赞军机外，还负责发展通天教组织和宣传通天教的教义，还负责审核军功、纠察过错的军法职责。所以军政部辖有军功司、军法司、组织司和宣抚司。军功司，负责审核将士军功，确认将士的军衔和军职擢升幅度；军法司，负责普及宣传军法、审核将士罪过、执行军法、监督军纪和监控劳改；组织司，在军中发展通天教组织和配合军功司、军法司，完成对将士们军衔和军职的擢升；宣抚司负责军队对内、对外、对民的三重宣传。

军训部，负责平时所有军队的训练、发展，辖有，禁卫司，负责禁卫部队的编制、训练；警备司，负责警备部队的编制、训练；陆军司，负责所有陆上军队包括骑兵、弓弩兵、枪兵的编制、训练；火器司，负责所有火枪和火炮兵的编制、训练；水军司，负责所有河流湖泊以及海上的水师的编制、训练。

军需部，辖有财务司、军粮司、军屯司、军牧司、军服司、军医司、军舰司等，同时还辖有十多个大型物资生产供应的工场。在营级设立军需官来掌管粮饷和其他物资，发放粮饷时，所有将士都在场，由皇帝亲自向高级军官分发，高级军官再向中级军官分发，分发时需要军需官、参军和主将一起发放。财务司除了负责军中物资供应费用的统计，还掌管、统计所有粮饷的支入支出，跟政务院财政部密切合作。军粮司负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养殖屠杀、炊事等。军屯司负责所有屯田事宜，由屯田中郎将负责。军牧司，负责马匹的采购、喂养、医治。军服司，负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应。军舰司，负责江河湖海上的大小船舶的设计制造，在河内、辽东、山东等地兴建了多处大型船厂。军医司负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫，从营级开始有医疗伍之至到师级有野战医院，渐渐地战地医生、护士、医疗器械都开始齐全，不再完全仰仗中医。

军备部，负责组织领导全军的武器装备建设，将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。下面设有军械司，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造；常备司，负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等；火器司，负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造；军矿司，负责开采铁、煤和石油。

军建部，负责所有军事设施建设，辖有城垣司、工事司、营房司、交通司，辖有浩大地工兵和建筑兵队伍，全面负责所有军民设施地建设，使得势力内地每一栋建筑都能为军事目地做出贡献，等于后世总后勤部和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。另外，俘虏多半派到这里做苦工。

政务院，设有政务首相和次相，原来的六部改为吏政部、财政部、司法部、农牧部、工商部、文教部等六部，每部设有一个尚书和侍郎。根据军政分开地原则，政务院类同于后世地国务院，因为人才不足和时代局限，机构要简化很多，但比起这个时代地三省六部还是要健全不少。

吏政部包含考试司、人事司、监察司、组织司等部门。

财政部包含税务司、统计司、钱币司、中央银行、审计司；

农牧部辖农业司、民屯司、水利司、林业司、牧业司、粮食司、土地司。

工商部辖有工业司、矿业司、外贸司、内贸司、环保司、质检司、安监司等。

文教部辖有文化司、宣传司、出版司、体育司、产权司、旅游司、文物司、教育司、科技司等，杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门。

司法部，负责法律的制定、案件地审理核查、监狱，将后世的公安部、司法部、法院同归在一起。

后来又设了一个民政部，辖有民生司、卫生司、邮政司、人口促生司、保障司等部门。

廉政公署是由御史台改编而来，对所有官员和将领都有调查之权，公署内辖有信访局。

国家安全总署，由原来的军情司、中情司、暗香司改编而成，不仅仅要对敌人和其他盟友势力，更要对准内部，一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀，升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅，是中央情报局和联邦调查局的融合，调查内部、敌人、盟友。

通天教神殿是将通天教的宗教地位提高到军政同等高度，便于发展通天教去挤压其他教派，全面提升国人的宗教信仰。

秘书处记述皇帝的圣旨和转呈下面的情报文书，由秘书令负责起草。