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张在高等教育中要有所分工，“治学者可谓之‘大学’，治术者可谓之‘高等专门学校’。两者有性质之别，而不必有年限与程度之差。”北京大学既然称大学，而且是全国唯一国立大学，就应该致力于把它办成研究学理的中心。
1919年，蔡元培在北大进行了学科体制上的第二个重大改革——“废门改系”。设立学系的思想动因，基于蔡元培对近代科学发展的理解和认识。他从科学演变的历史及其发展趋势，看到了学科之间相互渗透和相互影响的特点，认为“文理是不能分科的”，例如文科的哲学，必植基于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前的理学属于哲学，而现在用实验法，应列入理科。地理学的人文方面，应属文科，而地质、地文方面则属于理科。历史学自有史以来，属于文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。教育学和美学，也渐用实验法，有同一趋势。他指出，许多专门学者，不明了科学发展的趋势，不明白各学科之间的相互关系，以至存在“专己守残之陋见”。如“治文学者，恒蔑视科学，而不知近世文学，全以科学为基础；治一国文学者，恒不肯兼涉他国，不知�
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