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师培的父亲刘贵曾为光绪间举人，著有《春秋左传历谱》、《尚书历草补演》、《抱瓮居士文集》等。母亲李汝蘐，是江都学者李祖望的次女，通晓经史。由于家学渊源，刘师培8岁起学《周易》，12岁时已读毕《四书》、《五经》。

1898年，父亲刘贵曾病逝，刘师培便由母亲李汝蘐授《尔雅》、《说文》，并向堂兄刘师苍问学。刘师培聪慧好学，博览群书，内典道藏、西方哲学，无不涉猎，尤精历史掌故，在经学方面打下了深厚的功底。1901年，他考取秀才，1902年参加江南乡试，中举人。

刘师培是经史世家的传人，其家藏书如海。刘师培十七岁即全部读完了家中的藏书，然后论史谈经，著书立说，在国学界被誉为少年大师，与年近不惑的章太炎齐名。

刘师培早年丧父，祖母怕他出外吃亏，将他禁锢于家，所以他虽名声在外，但世人皆不知刘师培何许人也。刘师培因科举考试失利，辱骂清廷被官府官府通缉，听说陈独秀、章士钊等人在上海办《苏报》，便来投奔。这日闲暇，陈独秀到章士钊寓所聊天，忽一满身污脏、蓬头垢面的少年叩门而入，对二人说：“我叫刘师培，从扬州家里逃出来的。”章、陈二人考其《左传》上的学问，始信此少年便是刘师培。

章太炎曾评价刘师培的治学道：“常人患不读书，而申叔读书过多，记忆太繁，而悟性反少，诚欲著书，宜三二载束书不观，少忘之而后执笔，庶可增其悟力云。”

在北大任教的三年间，刘师培讲授“中国文学”、“文学史”课程并出版了《中国古文学史讲义》。本书的出版使“文选”派在文派之争中获得胜利，并在文学史的教学与研究方面成为后世的典范。

刘师培家族几代传经，刘师培继承家学传统，研究《左传》，著有《春秋左氏传古例诠征》、《春秋左氏传例略》、《春秋左氏传答问》、《春秋左氏传时月日古例考》、《读左札记》等著作。同时，他还研究《周礼》，著有《周礼古注集疏》、《礼经旧说考略》、《逸礼考》以及《古书疑义举例补》、《论文札记》等作品，都有较高的学术地位。

刘师培在继承《左氏》家学的同时，运用近代西方社会科学研究方法和成果，研究中国传统文化，开拓了传统文化研究的新境界。他运用进化论思想研究古代社会生活，著有《论小学与社会学之关系》、《读书随笔》、《国学发微》、《小学发微补》等作品，具有开创性的意义。

刘师培三十多年的生命历程中，著作颇丰，其中关于论群经及小学者二十二种，论学术及文辞者十三种，群书校释二十四种。刘师培去世后，钱玄同等人将刘的文章整理编辑成《刘申叔先生遗书》。

1917年底，北大文、理、法三科各学门先后成立研究所，入研究所学习的学生成为研究员，刘师培兼任了文科研究所国文门的指导教师（类似于现在的研究生导师）。开始，他所指导的研究科目为“文”和“文学史”两个研究方向，定每月第二周和第四周的周四安排一个小时时间，分别与“文学史”、“文”两个研究方向的研究员进行研讨。后来研讨日期稍有调整，但仍是每月分别指导一次。从1918学年开始，刘师培所指导的研究科目调整为“经学”、“史传”、“中世文学史”、“诸子”四个方向。在所有国文门的教员中，他指导的科目最多，次为黄侃，指导三科，余者仅担任一科，如朱希祖、钱玄同、吴梅、周作人等。北大的这一工作为编纂完善的中国政治史和专门史打下了良好基础。但五四运动发生、蔡元培离京出走时，徐树铮乘机向北洋政府国务院提出由政府收回北大国史编纂处，直接隶属国务院，改称国史馆，北大的这项工作被迫中断。

1919年，北京大学出版了《中国中古文学史》，此书是刘师培在北大中国文学门任教时所编讲义，出版后很受学生欢迎，反响极大。

刘师培在《中国中古文学史》中，第一次把中古文学作为独立的研究对象，筚路蓝缕，功不可没。本书从政治、思想、风俗、时尚等方面阐述了文学发展变迁的大势和文体文风的演变历史。本书最大的特点就是广征博引，其引证资料的广博和慎密，堪称文学史著作的典范，而刘师培对史籍的熟稔程度，也令人叹服。本书以引用资料为主，表达观点为辅，在写作方法上，先罗列史料，间或夹杂刘个人的观点，再选录相关文章，进行印证，相互呼应。

刘师培是近代研究魏晋玄学的开创者之一，早在1905年，刘师培就在其著述《国学发微》中对魏晋玄学进行了较为全面的论述。魏晋